23 mayo, 2013

Una idea descabellada: Artículos científicos + artículos divulgativos

Se me ha ocurrido una idea, y para ser sinceros, no me he tomado el tiempo en buscar en internet si a alguien más se le ha ocurrido esto antes y podría resultar algo utópica (por no decir descabellada), pero… ahí va.

¿Qué tal si cada vez que alguien envíe su trabajo de investigación a una revista científica arbitrada, también adjunte al manuscrito un artículo divulgativo que explique, de manera muy sencilla, el trabajo realizado?

En otras palabras, que las revistas científicas exijan a los autores, como un requisito para la revisión o, por lo menos, para la publicación de su artículo, el envío de un resumen divulgativo de una o dos páginas sobre su investigación. Si el artículo es aceptado y finamente publicado, este resumen podría ir como parte de la información complementaria (Supporting Information) del paper y ser de libre acceso.

journals

Si bien muchas revistas científicas publican versiones divulgativas de los artículos más resaltantes o vendibles de un determinado número, por ejemplo, la sección News & Views de Nature o Perspectives de Science, hay otros artículos —que también pueden ser sobresalientes— que no los tienen. En mi opinión, esto genera una pérdida del interés en ese tema por parte de otros investigadores menos especializados. Ahora les explico.

¿Quiénes leen las revistas científicas? Pues generalmente los investigadores y los estudiantes de ciencias. El público general, no. Ellos, si es que leen algo de ciencia, lo hacen a través de revistas divulgativas como Scientific American, Discover o Muy interesante.

Muchos investigadores no solo leen artículos de los temas en los cuales están especializados, sino que también, leen otros temas ajenos a su especialidad porque les parecen interesantes. Sin embargo, si no cuentan con el suficiente conocimiento sobre una determinada materia, no lo entenderán y perderán el interés rápidamente. Cosa que no ocurriría si antes leen una versión divulgativa de ese estudio.

Además, estas versiones divulgativas hechas por los mismos autores podrían ser útiles para que los periodistas científicos que quieran cubrir esta noticia, no escriban cosas inexactas por no entender el trabajo.

Bueno, ahí dejo la idea por si alguien quiere realizar una campaña a nivel mundial para promoverla. Tal vez  juntar firmas y mandar un declaración a las principales editoriales científicas para que exijan los autores artículos divulgativos junto a los manuscritos que remiten para ser revisados y publicados. Menos mal estamos los bloggers.

22 mayo, 2013

¡Esto es diversidad biológica!

Hoy se conmemora en todo el mundo el Día Internacional de Diversidad Biológica cuyo tema elegido para este año es el Agua y la Biodiversidad. El tema resalta la importancia del papel de la biodiversidad y los ecosistemas en garantizar la seguridad del agua y por consiguiente, el desarrollo sostenible.

Aprovechando este importante día, quisiera compartir algunas fotos que tomé en una actividad realizada en el Ministerio del Ambiente, en el cual vemos una pequeña partecita de la gran diversidad genética del cultivo de papa que tenemos.

Papas por todos lados, de todas las formas, texturas, colores y sabores...

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Variedades de papa - Proyecto PRODERN. (Foto: David Castro)

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Variedades de papa - Proyecto PRODERN. (Foto: David Castro)

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Variedades de papa - Proyecto PRODERN. (Foto: David Castro)

16 mayo, 2013

Las ventajas de la prepublicación para los investigadores

Una prepublicación —o comúnmente llamado preprint— es un artículo científico que es publicado antes de pasar la revisión por pares (peer-review) y ser aceptado por una revista científica. Actualmente, el portal más popular de prepublicaciones es ArXiv, aunque también existen otros no tan glamorosos como PeerJ y figshare.

preprint

Las prepublicaciones nacieron con el principal objetivo de poner los resultados de una investigación a disposición de la comunidad científica lo más rápido posible; ya que, muchas veces, todo el proceso de publicación en una revista científica, desde el momento en que envías el artículo hasta que finalmente es aceptado después de pasar la revisión por pares, puede tardar muchos meses, incluso años. Y puede darse el caso de que tu idea o investigación sea tan revolucionaria o bizarra que finalmente sea rechazada.

Compartir una investigación antes de su publicación formal en una revista científica tiene sus ventajas, por ejemplo: la rápida difusión del trabajo a un público mucho más amplio (los preprint son de libre acceso), la revisión casi inmediata por otros científicos expertos en el tema (en vez de los dos que son elegidos arbitrariamente por los editores de las revistas científicas) y, además, es una forma justa de saber a quién se le ocurrió la idea o quién hizo el descubrimiento primero sin depender del tiempo que tome la revista en publicar el artículo.

Esto último es importante. Por ejemplo, si yo descubro que se pueden hacer análisis genéticos para determinar la predisposición al cáncer de próstata a partir de células epiteliales obtenidas de una muestra de orina y envío los resultados a Nature y otro hace el mismo descubrimiento, pero seis meses después, y envía sus resultados a PLOS ONE; puede darse el caso que éste último publique primero su artículo y sea reconocido por ello, mientras que yo, a pesar de haber hecho el descubrimiento antes, no tendré ningún reconocimiento porque mi artículo se demoró más en ser publicado. Pero, si yo mandé un preprint antes de enviar mi artículo a Nature, este será inmediatamente publicado y todos sabrán que yo hice primero el descubrimiento.

Otro punto importante de los preprints es que los artículos son sometidos a un tipo de revisión no formal, realizada por diferentes científicos en todo el mundo, quienes, en base a su experiencia y conocimiento, pueden dar buenas críticas y aportes que mejoran la calidad del trabajo, aumentando así las probabilidades de ser aceptado con mínimas revisiones.

Sin embargo, a pesar del éxito que tiene este tipo de prácticas dentro de las matemáticas, física y astronomía, en biología no son muy frecuentes los preprints, tal como podemos apreciar en la siguiente gráfica:

preprints

Los biólogos creen erróneamente que los preprints facilitan el robo de ideas. Aunque como vimos en párrafos anteriores, más bien, esta práctica asegura que uno sea reconocido si es el primero en hacer un descubrimiento. Existe otra preocupación que no hace popular los preprints entre los biólogos y es la famosa “regla de Ingelfinger” la cual establece que un artículo científico no debe ser publicado dos veces para que no pierda su originalidad. No obstante, la mayoría de las revistas aceptan manuscritos que hayan sido preprints, aunque hay otras que se muestran hostiles a este tipo de prácticas o no tienen una posición clara frente a ellas.

Si bien es cierto, los preprints no pasan por un filtro de calidad y pertinencia de la investigación, sería importante notar que la relevancia de un estudio no debe depender de la opinión de un editor y dos o tres revisores, sino de lo que juzguen cientos de científicos expertos en el tema. Tal vez esta práctica cambie el paradigma de las publicaciones científicas en las principales revistas del mundo y esperemos que más biólogos se animen a realizar esta práctica tan buena para el avance de la ciencia.


Referencia:

ResearchBlogging.orgDesjardins-Proulx, P., White, E., Adamson, J., Ram, K., Poisot, T., & Gravel, D. (2013). The Case for Open Preprints in Biology PLoS Biology, 11 (5) DOI: 10.1371/journal.pbio.1001563

26 abril, 2013

Una chaperona para varias proteínas

Investigadores españoles han identificado una zona en una chaperona que le permite unirse a diversas proteínas y cambiar con ello su forma y su función.

chaperona

Según se van sintetizando las proteínas en los ribosomas, éstas tienen que ir tomando la forma adecuada para poder ejercer su función. Aunque las características físico-químicas de los aminoácidos que las forman determinan en gran parte la forma que adquieren, hay muchas proteínas que necesitan ayuda extra de parte de un grupo de proteínas conocidas como chaperonas.

Para comprender mejor cómo funcionan estas proteínas, en su laboratorio del Centro Nacional de Biotecnología del CSIC (CNB), el grupo dirigido por José María Valpuesta ha utilizado la microscopía electrónica. Gracias a esta técnica han podido determinar por primera vez la estructura de un complejo formado por la chaperona DnaJ y su sustrato, lo que les ha permitido observar cómo la chaperona cambia la estructura del sustrato y con ello su función.

En colaboración con la Universidad del País Vasco, el investigador postdoctoral del CNB Jorge Cuéllar ha identificado además en dicha chaperona una zona de gran flexibilidad que le permite adaptarse a la forma de distintas proteínas. Como se puede apreciar en la imagen de portada, la forma que adopta la chaperona DnaJ (en azul) cambia radicalmente en función del sustrato al que se une (RepE1-144, RepE o Rep54; en amarillo). De este modo, una misma chaperona es capaz de unirse a una variedad de proteínas diferentes, consiguiendo en todas ellas que adquieran la forma necesaria para funcionar.


Referencia:

Cuéllar J, Perales-Calvo J, Muga A,Valpuesta JM, Moro F. Structural insights into the chaperone activity of the 40 kDa heat shock protein DnaJ. Binding and remodeling of a native substrate. J Biol Chem 2013 Apr 11. [doi: 10.1074/jbc.M112.430595].

Cortesía del CNB CSIC.

25 abril, 2013

60 años después…

Un día como hoy en 1953, tres breves artículos publicados en Nature: uno por Francis Crick y James Watson, otro por Maurice Wilkins y colaboradores y otro por Rosalind Franklin; revolucionó todo el campo de la biología porque significó nada menos que el inicio de la “era de la genómica”. La estructura del ADN era finalmente revelada siendo considerado como uno de los más grandes logros científicos del siglo XX.

dna_structureImagen | Intech.

La historia de este notable descubrimiento es muy interesante y está lleno de drama y mucha controversia, donde la valiosa contribución de Rosalind Franklin inicialmente no fue reconocida como debió ser. Eran tiempos muy difíciles para las mujeres científicas.

Nominados al Nobel de Química

El 22 de enero de 1960, Watson y Crick fueron nominados por primera vez al Premio Nobel de Fisiología o Medicina de ese año por el virólogo británico Michael Stoker. A esta nominación les siguieron otras dos ese mismo año y tres más al año siguiente. Finalmente, en 1962, Watson, Crick y Wilkins recibieron el Nobel por su importante descubrimiento. Rosalind Franklin no lo recibió porque murió en 1958 y una de las reglas de este galardón es que no se entrega de manera póstuma.

Sin embargo, lo que pocos saben es que Watson, Crick y Wilkins también fueron nominados al Nobel de Química de 1962 según revela una carta firmada por Jacques Monod, Peter Campbell, William Stein, Harold Urey, John Cockroft y Stanford Moore, que fue dirigida al Comité Nobel y que fueron halladas en los archivos del Instituto Pasteur de Francia.

Captura de pantalla (6)Imagen | Nature.

El Nobel de Química de 1962 cayó finalmente en manos de Max Perutz y John Kendrew por la determinación de las estructuras de la hemoglobina y la mioglobina.

Los gloriosos años 70’s

Esta década fue de las más importantes para la biología molecular. Gracias al descubrimiento de la estructura del ADN veinte años atrás, se lograron muchos avances en el estudio de los genes a nivel individual: cómo almacenaban la información, cómo se expresaban, que proteínas codificaban, qué relación tenían con el fenotipo de un organismo, etc. Sin embargo, aún quedaban muchas interrogantes, entre ellas, la forma cómo eran encendidos o apagados, cómo estaba distribuidos en los cromosomas y a qué distancias se encontraban unos de otros, qué efectos tenían las mutaciones, cómo se daba la evolución éste nivel, etc.

A inicios de la década de 1970, los microbiólogos Hamilton Smith y Kent Wilcox aislaron y caracterizaron la primera enzima de restricción que son como unas tijeras biológicas que cortan el ADN en regiones con secuencias muy específicas. Gracias a esta enzima y el desarrollo una técnica que permitía separar por tamaño los fragmentos de ADN cortados (electroforesis), los científicos empezaron elaborar mapas de restricción (lugares del genoma donde actúa la enzima) y establecer la distancia física entre distintos genes. En otras palabras, los genes dejaron de ser algo abstracto. Ahora ya tenían una ubicación física dentro del genoma.

hamilton_enzima restriccion

En 1975, Fred Sanger desarrolló una técnica que le permitía leer los genes letra por letra (nucleótido por nucleótido). Dos años después presentó por primera vez la secuencia completa de un pequeño genoma: el del fago φX174. Así nació la secuenciación del ADN. Esta técnica original era sumamente laboriosa, requería el uso de sondas radiactivas y muchas horas de trabajo para leer pequeñas secuencias de ADN. Sin embargo, el método de Sanger sentó las bases para los primeros equipos de secuenciación automáticos que ya permitían leer miles de pares de base en algunas horas a inicios de la década de 1990. Actualmente, los secuenciadores de última generación permiten leer millones de secuencias —incluso genomas completos— en pocas horas y por una ridícula fracción del costo que tenía hace 10 años.

En 1977, dos equipos de investigadores, uno liderado por Rich Roberts y el otro por Phil Sharp hicieron un extraño descubrimiento: las moléculas de ARN mensajero (ARNm) de un adenovirus eran más pequeñas que sus genes correspondientes. Esto indicaba que los genes tenían regiones que eran removidas durante la formación del ARNm. Al año siguiente, el Walter Gilbert escribió un artículo de opinión sobre este descubrimiento y propuso llamar a esas regiones “intrones” (por intragenic regions).

A pesar que no se conocían muchos genes en 1978, el Dr. Gilbert predijo que existía al menos 10 veces más intrones que exones (las regiones que llegan a expresarse en forma de proteínas) y que algunas porciones de los intrones podrían llegar a actuar como exones, lo que ahora se conoce como splicing alternativo. Este mecanismo permite ampliar la diversidad de proteínas y regular la actividad de un gen para que cumpla diferentes funciones según el tejido donde se exprese.

No codifica pero regula

En el 2003 se presentó el genoma humano. Había grandes expectativas en torno a él porque se creía que por fin encontraríamos las causas que provocan el cáncer, el envejecimiento celular, los desórdenes metabólicos, entre otras cosa. Sin embargo, ya pasaron más de 10 años y aún no tenemos respuestas.

Prácticamente, todo el genoma humano (~98%), y en general, de todos los organismos superiores no son codificantes, en otras palabras, nunca llegan a formar proteínas, ni siquiera péptidos. Por algunos años lo consideraron como “ADN basura”, un mal nombre porque el hecho de no saber para que sirve no significa que no sirve para nada. Entonces, ¿qué hace ahí? Para resolver esta interrogante, en el 2003 se formó un consorcio internacional de investigadores que se pusieron a trabajar en un proyecto llamado ENCODE cuya finalidad era encontrar todos los elementos funcionales en el genoma humano.

Los resultados que aparecieron publicados en 30 artículos científicos a fines de 2012 fueron muy interesantes. En resumen se determinó que el 20% del ADN no codificante es funcional y que un 60% adicional llega a ser transcrito hasta ARN pero se desconoce cuál es su función real. La mayor parte de ese 20% se encarga de regular la expresión de genes codificantes, incluso actuando a largas distancias y de manera coordinada con otros factores. Incluso estas regiones no codificantes presentan mutaciones que podrían estar asociadas con el desarrollo de ciertas enfermedades.

Como podemos ver, el descubrimiento de la estructura del ADN hace 60 años nos ha abierto una verdadera caja de pandora. Se han generado muchas más preguntas que respuestas, similar a lo que fue el descubrimiento de la expansión acelerada del universo para la cosmología. El camino iniciado en el siglo XIX por Mendel, Darwin y Wallace no parece tener aún un destino a la vista, el viaje continua y eso es bueno. Es lo bello que tiene la ciencia.

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